La finalidad inmediata del subprograma InnoEmpresa es promover proyectos de innovación en el colectivo de las pequeñas y medianas empresas. Por ello, este subprograma forma parte del Programa Nacional de Proyectos de Innovación que, a su vez, se inscribe en la Línea Instrumental de proyectos de I+D+i del Plan Nacional de Investigación Científica, Desarrollo e Innovación tecnológica, 2008-2011, aprobado por Acuerdo del Consejo de Ministros de 14 de septiembre de 2007.

El objetivo del Programa Nacional de Proyectos de Innovación, según establece el Plan Nacional de I+D+i, 2008-2011, es promover la realización, por parte de las empresas, de proyectos de innovación y transferencia de tecnología, que implican la incorporación y adaptación activa de tecnologías emergentes en la empresa, así como los procesos de adaptación y mejora de tecnologías a nuevos mercados. También contemplan la aplicación del diseño industrial e ingeniería de producto y proceso para la mejora tecnológica de los mismos.